Déroulement d'un prélèvement à visée bactériologique

 

 

Nécessité de prélever les examens bactériologiques à distance d'une antibiothérapie lorsque cela est possible, et de questionner le patient à ce sujet.

Les échantillons ne peuvent être acceptés dans les cas suivants : Échantillons non étiquetés (sauf prélèvements précieux), récipients endommagés et non étanches, échantillons visiblement contaminés, échantillons inappropriés aux analyses prescrites (exemple : écouvillonnage d'escarre).


Les prélèvements sont identifiés en salle de prélèvement directement après le prélèvement et acheminés en technique dans une boîte fermée.


Le préleveur habilité doit clairement être identifié.


Les déchets des salles de prélèvement sont gérés selon la procédure PR-6-002 Élimination des déchets.


Il est recommandé au préleveur de porter des gants, ou le cas échéant de se conformer à la fiche technique FT-3-009 Hygiène des mains.

 

  • Prélèvements urinaires :

 

Examen cytobactériologique des urines (ECBU)

 

Prise de renseignements :

 

De nombreuses situations cliniques peuvent influer sur le recueil et l'interprétation des résultats microbiologiques de l'ECBU. Ces principales situations sont : terrain (age, grossesse, diabète, immunodépression, contexte chirurgical), sondage urinaire, traitement antibiotique.

 

Prélèvements :

 

Cas général, fait par le patient lui-même :

 

  1. Chez l’homme :


Désinfecter le méat et le gland avec du savon, du Dakin® ou une lingette antiseptique fournie par le laboratoire, puis bien rincer à l’eau.


Décalotter si non circoncis.


Rejeter les premiers millilitres (10-50 ml) de la miction.
Recueillir les 20 ml suivants dans un flacon stérile.

 

  • Chez la femme :


Désinfecter le méat et la vulve avec du savon, du Dakin® ou une lingette antiseptique fournie par le laboratoire puis essuyer avec une compresse.
Ces opérations se font toujours d’avant en arrière.


En cas de pertes vaginales, mettre en place une protection : tampon ou compresse.
Uriner en position naturelle en maintenant les grandes lèvres écartées.
Rejeter les premiers millilitres (10-50 ml) de la miction.
Recueillir les 20 ml suivants dans un flacon stérile.

 

Attention : la recherche de Gonocoque, de Trichomonas, de Chlamydiae et de Mycoplasmes urinaires se fait sur le 1er jet des urines.

 

ECBU sur sonde à demeure

Le prélèvement doit être fait en maintenant le système clos.


Clamper la sonde juste au-dessous de l’embout du collecteur pendant 15 minutes environ
Nettoyer la tubulure au dessus du clamp avec un antiseptique


Prélever juste au-dessus de l’embout du collecteur si possible 5 ml d’urine directement dans la sonde par ponction à l’aide d’une aiguille sous-cutanée montée sur une seringue


Rejeter l’urine dans un flacon à ECBU
Bien identifier le flacon : nom – prénom – date de prélèvement. Préciser qu’il s’agit d’une urine prélevée sur sonde à demeure.

 

ECBU chez le nourrisson

Toilette soigneuse au Dakin (en écartant les grandes lèvres pour les filles, en décalottant pour les garçons).


Pose de la poche type « urinocol »


Dès que l’enfant a uriné, retirer la poche, recoller l’adhésif sur lui-même de manière à fermer hermétiquement. La poche ne doit pas rester en place plus de 30 minutes : réitérer la procédure avec une poche neuve si nécessaire.


Déposer la poche ainsi fermée dans un flacon à coproculture


Ne jamais transvaser l’urine directement dans le flacon.


Bien identifier le flacon: nom – prénom – date de prélèvement.


Nourrisson : Au mieux, le bébé est allongé sur le dos, couche ouverte, sur les genoux d'un adulte prêt à prélever les urines au milieu de jet. Sinon, utiliser un dispositif collecteur d'urine posé après désinfection soigneuse du périnée. Ce dispositif ne peut être laissé en place plus de 30 minutes au-delà desquelles il faut replacer un collecteur neuf.

 

Conservation et transport :


Les urines ne doivent jamais être conservées plus de 2 heures à température ambiante. À défaut, les urines peuvent être conservées à + 4 °C pour une durée maximale de 24 heures en sachant qu'au-delà de 12 heures, les leucocytes peuvent s'altérer et se grouper en amas. Avec un tampon boraté, les urines peuvent être conservées 6 heures à température ambiante et jusqu'à 48 heures à + 4 °C.

 

Examens ano-génitaux usuels

Dans tous les cas, le prélèvement et les précautions diffèrent selon le contexte clinique. Si les prélèvements ne sont pas techniqués sur place, le transport doit être fait dans les 2 heures en l'absence de milieu de transport ou 6 heures avec un milieu de transport.

 

Prélèvement dans les deux sexes

 

En présence d'une ulcération ano-génitale : élimination des sérosités du fond de l'ulcère avec un tampon imbibé d'eau puis grattage sans faire saigner au niveau de la base ou des bords de la lésion : examen extemporané sur microscope à fond noir à la recherche de Tréponema pallidum selon le contexte clinique.

 

En présence de pustules : Recueil du contenu à la seringue ou à l'écouvillon.

 

En présence d'un granulome inguinal : Grattage des tissus à la recherche d'une donovanose.


Prélèvement génital chez la femme (hors grossesse)

Les prélèvements génitaux se font sous spéculum avec un éclairage adapté.

 

Éviter toilette intime et traitement local.


Pose d’un spéculum indispensable pour prélever en endocol


Au niveau des parois vaginales, prélever :


1 écouvillon avec milieu de transport,
1 écouvillon sec servant à faire un étalement sur lame puis jeté
En endocol, après mouchage du col avec un écouvillon sec, prélever :
1 écouvillon sec pour la recherche de Mycoplasmes,

1 écouvillon spécifique à casser dans le milieu de transport pour la recherche de Chlamydiae et / ou d’Herpès.


Recherche d’Herpès sur lésions vulvaires : prélever les lésions suspectes avec un écouvillon spécifique à casser dans le milieu de transport pour PCR.

 

Devant une cervicite, prélever le col à l'aide d'un écouvillon en prenant soin d'éviter les contaminations de l'échantillon par les germes du bas appareil, à la recherche de gonocoque (à prélever impérativement dans un milieu de transport en cas de transfert) ou de C. trachomatis (écouvillon et milieu de transport spécifique).


En présence d'une leucorrhée ou d'une vulvovaginite, on procède à un écouvillonnage des sécrétions des parois de la moitié inférieure du vagin jusqu'au vestibule et la vulve.


Prélèvements chez la femme enceinte


Le Streptococcus agalactiae est recherché à partir d’un prélèvement vaginal réalisé à l’écouvillon en balayant l’ensemble de la cavité vaginale (exocol, culs de sac vaginaux) incluant ABSOLUMENT un balayage des parois vaginales de la moitié inférieure du vagin jusqu’au vestibule (orifice vulvaire). 


Prélèvements génitaux masculins

En présence d'une urétrite, prélever le pus à l'écouvillon à la recherche de gonocoque. Pour la recherche de Chlamydiae trachomatis, introduire un écouvillon fin à 3-4 cm dans l'urètre. La recherche de cette bactérie peut s'effectuer sur le premier jet d'urine (10 premiers ml) obtenu sans toilette ni désinfection préalables.
En cas d'épididymite ou de prostatite, procéder à un écouvillonnage urétral, e t/ ou à un prélèvement de sperme (ou sécrétions prostatique après un éventuel massage prostatique pour la prostatite) et / ou au recueil du premier jet urinaire.

 

 

Coproculture 


Recueillir l’équivalent d’une noix de selles dans un pot à coproculture
Pour la recherche de la toxine de Clostridium difficile, le préciser sur le bon de demande.
Le prélèvement est réalisé si possible avant le début de l'antibiothérapie. Les selles sont recueillies dès leur émission et doivent être immédiatement acheminées au laboratoire de préférence accompagnées des renseignements cliniques à l'aide du questionnaire FT-4-027. Le volume minimum doit être de la taille d'une noix. Les selles doivent être ensemencées dans les 12 heures maximum, à 4 °C.

 

Examen parasitologique des selles 


Recueillir les selles dans un pot à coproculture
À faire le matin pour un acheminement rapide permettant un examen direct de selles fraîchement émises.

Fermer correctement les flacons.
Désinfecter l’extérieur des flacons s’ils sont souillés.

 

 

Prélèvement de la sphère ORL 

 

  • Pus d'origine auriculaire

Dans le cas d'une otite moyenne aiguë, le prélèvement (pus de paracentèse ou otorrhée spontanée) se fait avec deux écouvillons fins, l'un servant à réaliser un étalement sur lame, l'autre étant destiné à sa mise en culture. Si celle-ci doit être différée de plus de 2 heures, l'utilisation d'un milieu de transport est nécessaire.

Dans le cas d'une otite externe, on élimine les débris et les croûtes présentes dans le conduit auditif externe à l'aide d'un premier écouvillon humidifié puis 2 écouvillonnages successifs sont réalisés.

  • Prélèvement rhinopharingé

Un milieu de transport est à prévoir si la mise en culture ne peut être effectuée dans un délai de moins de 2 heures.

 

Fosses nasales : Écouvillonnage des deux narines au niveau du tiers inférieur avec le même écouvillon qui peut être humidifié préalablement avec de l'eau stérile.

 

Pus de sinus : Aspiration, ponction, biopsie au niveau du méat moyen réalisé par le clinicien. Le prélèvement de fosses nasales ne convient pas.

 

  • Prélèvement de gorge

Le prélèvement doit être réalisé avant toute antibiothérapie.

On réalise deux écouvillons des amygdales ou, en leur absence, des piliers du voile du palais. Un milieu de transport est nécessaire si la mise en culture est différée de deux heures.

Cas particuliers : En présence d'une ulcération ou d'un exsudat, le prélèvement doit s'effectuer à leur niveau. Pour la recherche de Candida spp., le prélèvement s'effectue au niveau de la langue et du palais. En cas de suspicion de Diphtérie, le prélèvement se fait sous les fausses membranes.


Prélèvement de la peau et des phanères, des plaies, écoulements purulents

 

Dans tous les cas, la nature de la lésion doit être précisée. La notion d'immunodépression ou de diabète doit aussi être signalée. L'écouvillon doit être acheminé dans les 4 heures en l'absence de milieu de transport.

 

  • Peau saine, érythrasma (Corynebacterium minutissimum)

Utiliser 2 écouvillons imbibés d'eau physiologique. L'écouvillon doit être acheminé dans les 4 heures en l'absence de milieu de transport.

  • Peau avec lésions cutanées superficielles (impétigo, ecthyma, bulle, folliculite, furoncle, anthrax)

Utiliser un écouvillon en prenant garde de ne pas contaminer l'échantillon par des bactéries colonisant la périphérie de la lésion.

 

  • Inflammation cutanée, érysipèle, hypodermite

Il faut désinfecter le site, puis à l'aide d'une seringue avec aiguille fine injecter dans la lésion un peu de sérum physiologique et réaspirer.

 

  • Infections superficielles du site opératoire

L'écouvillonnage de la cicatrice n'est pas indiqué car il est recommandé de pratiquer une ouverture chirurgicale de la plaie avant toute antibiothérapie. Les prélèvements au cours de la reprise chirurgicale doivent être encouragés.

 

  • Escarres et ulcérations

Les escarres ne devront être prélevés qu'au stade III ou IV et avec des signes d'infection locaux et / ou généraux. Les écouvillonnages sont à proscrire. Les biopsies osseuses ou de tissus osseux sont préférables à l'irrigation-aspiration de la périphérie de l'escarre.

Les ulcères veineux ne sont prélevés qu'en cas d'infection par biopsie après débridement de l'ulcère.

Nettoyer soigneusement l’escarre ou la plaie avec un antiseptique.
Éliminer l’antiseptique à l’aide de sérum physiologique stérile – laisser sécher.

Prélever les secrétions :
1 écouvillon avec milieu de transport,
1 écouvillon sec servant à faire un étalement sur lame puis jeté.

 

  • Examen bactériologique des suppurations closes

Avant de ponctionner un foyer fermé, la désinfection doit être de type chirurgical. Le prélèvement doit être acheminé au laboratoire dans les 4 heures à température ambiante.

Prélèvements liquides : Ponction à l'aiguille.

Prélèvement solides : Recueil dans des pots stériles vides.

 

  • Pus profonds

Nettoyer soigneusement la peau avec un antiseptique.
Prélever par ponction à l’aiguille montée sur une seringue.
Injecter le pus dans un tube sec et dans un Portagerm Anaérobie : transport sécurisé.


Spermoculture 


Le prélèvement du sperme est réalisé de préférence après une abstinence de 2 à 5 jours. Après la miction et avant le recueil du sperme, une désinfection soigneuse du gland, du prépuce et des mains est nécessaire. Le recueil est effectué dans un flacon stérile. Le transport doit être effectué dans les 2 heures à environ 20 °C en raison de la fragilité de la Neisseria gonorrhooeae.


Examen cytobactériologique du liquide céphalorachidien


La ponction est réalisée avec une asepsie de type chirurgical. La quantité nécessaire est d'au moins 2 ml en ce qui concerne l'analyse cytobactériologique habituelle. La recherche de mycobactérie ou l'analyse virologique nécessite 2 ml supplémentaires : Recueillir stérilement le liquide céphalorachidien dans au moins 3 tubes stériles neutres (bouchon blanc) correctement identifiés et numérotés. Chaque tube doit renfermer au moins 0,5 ml de LCR. Prévoir des quantités supérieures et nous consulter si possible auparavant pour toute autre analyse.

Le bon de prescription doit être le mieux renseigné possible.

L'acheminement du LCR vers le laboratoire doit se faire sans délai en raison de la lyse rapide des polynucléaires (50 % en 2 heures). Le prélèvement doit être maintenu à une température d'environ 20 °C.

Un minimum de renseignements cliniques doit accompagner le prélèvement : âge, contexte clinique, purpura, traitement antibiotique.

 


Autres (Ascite, péritonéal, pleural, articulaire, etc.) 

 

Introduire le prélèvement dans 2 tubes secs pour les ascites, l. péritonéal ou pleural, dans 2 tubes citratés pour les l. articulaires.
Inoculer systématiquement un Portagerm Anaérobie pour tous les liquides.
Prévoir un second flacon en cas de recherche de BK.


Examen cytobactériologique des sécrétions bronchopulmonaires :

 

La difficulté du prélèvement vient de la nécessité d'obtention de prélèvements des voies aériennes inférieures non ou peu contaminées par la flore oro-pharyngée pouvant masquer les germes responsables. Le S. pneumoniae fragile, comparé aux germes de la flore commensale, le prélèvement doit être acheminé dans les 2 heures au laboratoire sachant qu'il n'y a pas de milieu de conservation pour ce type de prélèvement.

 

Le recueil de l'expectoration doit se faire le matin, au réveil, lors d'un effort de toux, aidé si besoin d'une kinésithérapie. La présence de cellules épithéliales (> 25/champ au grossissement x100) témoigne d'un crachat d'origine salivaire et en conséquence d'un prélèvement ininterprétable. Par ailleurs, des leucocytes (>25/champ) doivent être présents.

 

D'autres types de prélèvements doivent être préférés au prélèvement d'expectoration : le brossage bronchique protégé et le lavage broncho-alvéolaire. Ces prélèvements se pratiquent en milieu hospitalier par le clinicien.

 

L'aspiration bronchique des sécrétions est une méthode alternative lorsque les méthodes invasives sus-citées sont contre-indiquées. Le risque de contamination salivaire est important et les critères d'acceptabilité sont les mêmes que pour l'expectoration.

 

Tuberculose, expectorations et BK

Pour la recherche de BK dans les urines : recueillir le premier jet des urines du matin. Ne pas utiliser de flacon contenant de l’acide borique.

Prélèvements non protégés :
Expectoration =  exsudat ramené par une « toux profonde ». Flacon stérile
Le matin, au réveil, après rinçage bucco-dentaire et lors d’un effort de toux aidé si besoin d’une kinésithérapie. Respecter le mode de prélèvement car un échantillon salivaire n’est pas exploitable. Un volume inférieur à 0,5 ml n’est pas exploitable.
Prélèvements protégés :
Prélèvements réalisés par fibroscopie au bloc ou en réanimation. Flacon stérile
Brossage bronchique
Aspiration bronchique
Prélèvement distal protégé


Liquide gastrique et prélèvements chez le nouveau-né 

 

Prélèvement gastrique recueilli par sondage gastrique dans un flacon stérile
Prélèvements périphériques par écouvillonnage des cavités naturelles du nouveau-né, prélever par site :
1 écouvillon avec milieu de transport,
1 écouvillon sec servant à faire un étalement sur lame puis jeté.
Prélèvement de placenta : biopsie réalisée en plein centre des lésions si des abcès sont visibles ou près de l’insertion du cordon si le placenta est apparemment normal. Le prélèvement est placé dans un flacon stérile.
Recherche d’Herpès : prélèvement de vésicules, prélèvements oculaires avec un écouvillon spécifique à casser dans le milieu de transport pour PCR (conservé au réfrigérateur) – LCR.


Prélèvements mycologiques 

 

Tout prélèvement mycologique doit respecter une fenêtre thérapeutique : trois mois en cas de traitement local par une solution filmogène, un vernis, ou un traitement systémique avec un antifongique.

 

  • Onychomycoses

Le prélèvement doit être réalisé sur des ongles propres, brossés avec un savon neutre le jour de l’examen afin d’éliminer au mieux les moisissures de l’environnement.

La technique du prélèvement est adaptée à la symptomatologie clinique afin que
l’échantillon soit recueilli au sein de la zone infectée où le champignon est vivant :

Pour une atteinte distolatérale avec hyperkératose sousunguéale et détachement de la tablette, un découpage à la pince à ongle est pratiqué jusqu’à la jonction zone unguéale infectée - zone saine, puis un grattage des débris kératosiques friables recouvrant le lit unguéal est réalisé dans cette zone

En cas de leuconychie superficielle ou profonde, après avoir nettoyé la tablette avec de l’alcool, un grattage ou un découpage de la leuconychie est effectué jusqu’à atteindre la zone blanche friable au sein de laquelle est recueilli l’échantillon.

 

S’il existe une paronychie avec atteinte des sillons latéraux, comme c’est habituellement le cas pour une candidose unguéale, un grattage est réalisé sous le repli sus-unguéal, puis dans les zones latérales après découpage de la tablette.


(1) Gratter sous le repli sus-unguéal avec un vaccinostyle ou avec un objet équivalent (pointe de ciseau...).
(2) Découper à la pince à ongle les zones latérales et gratter le lit de l’ongle.

 

  • Intertrigos

Intertrigos des grands plis (plis inguinaux-cruraux, axillaires, sous-mammaires) : il s'agit de récupérer des squames situés à l'extrémité des lésions, là où le champignon est vivant par grattage ou par écouvillonage.

Intertrigos des petits plis (orteils) : récupérer des squames entre les orteils par grattage ou curetage.

 

  • Teignes


Examen en lumière de Wood : il permet l’orientation entre teignes microsporiques et trichophytiques. La fluorescence des cheveux obtenue lors de cet examen (grâce à une lampe ultraviolette émettant à 365 nm) est jaune verdâtre brillante en cas de teigne microsporique et l’on distingue les cheveux cassés à leur base. Les teignes trichophytiques ne présentent pas de fluorescence, seul T. schoenleinii, agent du favus, est à l’origine d’une fluorescence verte des cheveux.

 

Prélèvement : le cheveu est souvent infecté dans la zone proche de sa racine, son extrémité distale étant indemne. Ainsi les cheveux doivent être extirpés à l’aide d’une pince à épiler et non pas coupés car on risque d’obtenir le segment distal qui peut ne pas être parasité.

On prélève les cheveux dans les squames de la lésion et sur son pourtour, en essayant de récupérer le bulbe. En cas de zone d’alopécie importante, on utilisera plutôt le grattoir. On récupère par grattage les cheveux cassés dans une boîte de Pétri stérile. On pourra utiliser éventuellement une lame de bistouri stérile qui, inclinée à 30 °, permet un grattage efficace des squames et des cheveux cassés. En cas de lésions purulentes (kérion), on pourra prélever du pus par écouvillonage, une petite curette peut être utilisée en cas de lésion favique (godet).

 

Pityriasis versicolor

 

Dermatophytose due à Malassezia furfur.

Macules arrondies, peu prurigineuses et finement squameuses, « signe du copeau ». Parfois aspect de grandes nappes à contours géographiques ; de teinte variable du rose-chamois au brun foncé.

 

Prélèvement : réaliser un scotch-test sur les lésions évocatrices et réaliser un examen direct, fluorescence jaune-verdâtre sous lampe de Wood.